2015 год, Токио-3. 15 лет назад произошёл Второй удар, в результате чего Антарктида растаяла, Землю накрыла глобальная катастрофа, и большая часть человечества погибла. Теперь планету атакуют Ангелы — загадочные существа, противостоять которым могут только созданные с помощью биотехнологий гигантские роботы серии «Евангелион». 14-летний Синдзи Икари направлялся на встречу с отцом, руководителем влиятельной организации NERV, когда Токио-3 подвергся нападению Ангела. С помощью капитана Мисато Кацураги парень добирается до подземной штаб-квартиры NERV и единственное, что он хочет сказать отцу — как сильно его ненавидит. Но на месте выясняется, что Синдзи должен прямо сейчас залезть в робота и сражаться с Ангелом.

Победив последнего Ангела, NERV сталкивается с более зловещей угрозой: пока Гэндо Икари начинает подготовку к Третьему удару, на их подземную штаб-квартиру нападают боевики Seele. Рэй сливается с Лилит, а Синдзи предстоит сделать выбор — продолжит человечество существование или нет.

2015 год, Токио-3. 15 лет назад произошёл Второй удар, в результате чего Антарктида растаяла, Землю накрыла глобальная катастрофа, и большая часть человечества погибла. Теперь планету атакуют Ангелы — загадочные существа, противостоять которым могут только созданные с помощью биотехнологий гигантские роботы серии «Евангелион». 14-летний Синдзи Икари направлялся на встречу с отцом, руководителем влиятельной организации NERV, когда Токио-3 подвергся нападению Ангела. С помощью капитана Мисато Кацураги парень добирается до подземной штаб-квартиры NERV и единственное, что он хочет сказать отцу, как сильно он его ненавидит. Но на месте выясняется, что Синдзи должен прямо сейчас залезть в робота и сражаться с Ангелом.

Синдзи уже почти смирился с необходимостью управлять боевым роботом «Ева-01», когда он знакомится с новыми девушками-пилотами, которым искренне нравится их занятие: загадочной британкой Мари и бойкой немкой Аской. Аска, как и Синдзи, заселяется в квартиру Мисато и начинает учиться с ним и Рэй в одном классе. Также в NERV прибывает старый знакомый Мисато Рёдзи Кадзи, которому она не очень-то рада, и, пока ребята успешно сражаются с Ангелами, у всех складываются непростые отношения.

Инопланетянка Харухара Харуко сбивает на своем мотороллере учашегося начальной школы Нандаба Наота, но для достижения настоящего эффекта она бьет его своей гитарой по голове, после чего у него из образовавшейся на голове шишки... вырастает робот.

Синдзи приходит в себя после комы, в которую он впал, пытаясь спасти Рэй из поглотившего её Ангела. Мало того, что на парня надет сдерживающий ошейник, так ещё и Мисато, Аска и другие теперь сражаются на стороне организации WILLE против NERV. Оказывается, что после Третьего удара прошло уже 14 лет, но из-за так называемого проклятия «Евы» пилоты «Евангелионов» остались подростками. Хотя Мисато утверждает, что Рэй больше не существует, та прорывается на новом боевом роботе серии «Марк» и вызволяет Синдзи из воздушного линкора WILLE.

Боевым пилотом робота серии «Еванглион» становится 14-летний Синдзи Икари — сын руководителя NERV Гэндо Икари, замкнутый и необщительный подросток, тяжело переживающий отдаление отца. Схожими проблемами страдают не только другие юные пилоты, но и взрослые сотрудники организации, от которых начальство скрывает истинный смысл проекта.

Воздушный флот организации WILLE успешно проводит парижскую операцию: отбивается от армии беспилотных роботов, активирует гигантский уплотнительный столб, восстанавливает город и заполучает боеприпасы и запчасти «Евангелионов». А в это время потерявший волю к жизни из-за смерти Каору и чуть было не устроенного им самим Четвёртого удара Синдзи вместе с Рэй послушно следует за Аской, и вскоре троица оказывается в Третьей деревне — восстановленном поселении, где люди пытаются наладить мирную жизнь.

2023 год. Гигантские насекомоподобные пришельцы приближаются к Земле, чтобы уничтожить человечество, которое сделало первые шаги за пределы Солнечной системы. Для защиты планеты люди создали гигантских боевых роботов, управляют которыми лучшие представители молодёжи Земли.

Арима Сюитиру все время осуждает себя за попытки быть лучшим не ради собственного желания, а ради своих приемных родителей и ради соответствия стандартам, принятым в их семье. После того, как они стали близки с Юкино, Арима лежит и бьется в истерике, потому что девушка ушла домой, а наедине с собой возникают мысли о своем несчастливом прошлом. Именно тогда, когда все хорошо, и возникает это чувство неповторимости счастливых моментов. Не стоит и надеяться, нам не рассказывают сказку. Нам показывают жизнь. Не идеальную историю любви с хэппи-эндом и постоянной романтикой, а такую, где счастье неуловимо и оттого так ценно.

Долговязая и неуклюжая, но очень целеустремленная Ноно сбегает из родного марсианского дома в большой город, чтобы стать пилотом космического корабля. Правда, денег на обучение нет, и нашей героине грозит пожизненно протирать столики в кафе. Но все не зря: Ноно встречает одного смелого и благородного человека… и он, то есть она, — настоящий космический пилот.

Страна Драконов. Ноноко заступает на службу как зубной, чей долг — оберегать зубы главного защитника страны, дракона. Бои с соседней страной происходят все чаще, и однажды Ноноко обнаруживает лежащего без сознания на зубе дракона вражеского солдата.

Рассказ о прошлом Мидори Китаками и причинах её ненависти к Синдзи Икари.

В будущем из-за перенаселения Земли была запущена программа по освоению космического пространства и колонизации пригодных для жизни планет. Одним из таких миров-колоний стала Терра-2, на которой некогда потерпел крушение корабль поселенцев, а выжившими оказались исключительно мужчины. Чтобы выжить самим, а также дать шанс колонизации планеты, те достойные мужи решаются идти путём клонирования и генной инженерии, а также создают андроидов-женщин, названных впоследствии марионетками, используемых во всех сферах, в том числе как чернорабочих, телохранителей и наложниц. Эта история разворачивается спустя несколько веков с тех событий, в государстве Романа, в котором, не отличающийся добрым нравом мятежный старший сын правителя Стар Фэйс пытается захватить власть над страной, и последний шаг к трону — устранение младшего брата и наследника престола Джуниора . Однако узурпатору всячески препятствует совершить братоубийство троица марионеток, наделённых «девичьим сердцем»: Бладберри , Черри и Лайм . Данный OVA-сериал относится к франшизе «Воины-марионетки», но не имеет сюжетной связи с остальными произведениями, только трёх общих персонажей. Отличается иным стилем рисунка и мрачной атмосферой.