Однажды демон напал на деревню, в которой родился мальчик Наруто. Чтобы остановить демона, глава поселения запечатал его внутри Наруто, но сам при этом погиб. Прошли годы. Наруто вырос, став гиперактивным и очень тупым ниндзя. Он всё ещё живёт в родной деревне, где его не особо любят и стараются избегать.

Был освобождён древний демон, и если его не запечатать обратно, он разрушит мир. Демон посылает своих приспешников, чтобы убить единственного человека, который способен его запечатать. Но до этого в Конохе узнают о демоне и высылают Наруто, Сакуру, Ли и Неджи, чтобы защитить Шион - монашку, которая может запечатать демона. Еще она может видеть будущие смерти людей, который находятся рядом с ней. Когда Наруто спасает её от демонских приспешников, она видет, что Наруто должен скоро умереть. Как же он воспримет этот факт?

Наруто, Какаши, Сакура и Рок Ли получают миссию охранять принца из Земель Луны. Земля Луны отличается своим богатством, так что принц намеривается купить всё, что он встречает по пути. И когда по дороге они встречают цирк он покупает там редкого питомца, саблезубого тигра, и всех остальных животных в придачу. Теперь команде предстоит присматривать не только за принцем, но и за оравой животных.

В Пяти странах никогда не переводятся персонажи, желающие возвыситься и достичь абсолютной власти за счет других. На дворе очередной кризис - синоби с Кровным даром начали пропадать из скрытых деревень Травы, Камня, Облака и Песка. Не тронута только деревня Листвы, что вызывает резонные подозрения у остальных четырех наций. Впрочем, разведка Конохи быстро вычислила, что следы пропавших ведут на гору Сумисэн. Вот только после отчаянной и неудачной попытки добыть информацию, в небе над деревней Листвы явилась гигантская фигура, возвестившая начало новой Великой войны ниндзя. Коноха в беде. Соседи не слушают доводов разума и стягивают войска, а князь Страны Огня приказывает Цунадэ быстрее найти истинного виновника или приготовиться к уничтожению. Собрав воедино все имеющиеся сведения, Хатакэ Какаси решает пожертвовать собой ради существования деревни. Лучшие стратеги Листвы и Песка не смогли найти иного плана, и, хоть с тяжким сердцем, но одобрили его выбор. Но что значит холодная логика против одного-единственного ученика Какаси-сэнсэя, парня в оранжевом, который не приемлет принцип «меньшего зла»? Ведь в мире Наруто побеждают те, кто голосует сердцем!

В деревне Скрытого Листа каждый день бесстрашные ниндзя выполняют миссии и учатся, оттачивая боевые навыки. Один из них — синоби Рок Ли, который не может использовать ниндзюцу. Он тренируется не покладая рук вместе с товарищами, Тэн-Тэном и Нэдзи Хьюгой, под руководством требовательного наставника Майто Гайи.

Будущее. Поездам больше не нужны рельсы, ведь теперь они поднимаются в небо и курсируют по галактическим железным дорогам, осуществляя перевозку людей с планеты на планету. Однако преступники, террористы и пришельцы совершают нападения на поезда. Манабу Юки — боец элитных сил космической обороны, который любой ценой должен защитить пассажиров.

Наруто решает принять участие в состязаниях ниндзя, в которых новички получают шанс схлестнуться со своими наставниками. Пытаясь сосредоточиться, Наруто становится одержим противостоянием с Какаси Хатакэ.