Япония, вторая половина XIX века. Только что закончилась Гражданская война, в которой проимперская партия победила сторонников сёгуна. Постепенно начинается переход жизни страны на западный лад. Молодой воин Кэнсин Химура по верой и правдой служил императору, но ему надоело убивать, и он покинул государственную службу. Теперь он носит меч с заточкой на обратной стороне клинка и живет в школе Каору Камии — девушки-преподавателя боевых искусств. Но тени прошедшей войны не оставляют Кэнсина в покое.

Байсон, безжалостный лидер международной террористической организации, долгие годы находился в поиске достойного соперника - величайшего бойца на планете. В конце концов он нашёл его в лице японца Рю, но в то же время заимел врагов в лице американца Гайла и китаянки Чан Ли, объединившихся, чтобы положить конец террору Байсона.

Много воды утекло с тех пор, как Кэнсин Химура отказался от своего меча в пользу спокойной жизни. Кэнсин и Каору женились, и у них родился сын Кэндзи. Но мир недолог, Кэнсин вновь призван защищать интересы страны. Каждый день верная Каору ходит в гавань в надежде, что любимый вернётся. Картины прошлого не оставляют её - первая встреча с Кэнсином, все события прошлых лет.

Реставрацией Мэйдзи окончилась. В Японии полным ходом идут реформы по западному образцу: нет больше сёгуната, созданы парламент и правительство, самураи примеряют европейские костюмы, крестьяне получают фамилии, расцветают торговля и предпринимательство. Вот только почему герой тайной войны времен Бакумацу неузнанным бродит по стране в обличии добродушного простака, помогая всем, кто в беде, и ничего не прося взамен? Так Кэнсин Химура, великий мастер меча и бывший убийца поневоле, пытается искупить грехи прошлого и найти мир в израненной душе. Краткая передышка застает Кэнсина в Токио, бывшем Эдо, где он спасает Каору Камию, молодую хозяйку семейного додзё. Постепенно в додзё Камия собирается теплая компания бродяг и неудачников, вот только спокойная жизнь, наполненная веселыми похождениями и шутливыми перепалками, продлилась недолго. Ведь прошлое никуда не ушло, и слишком многие считают, что кровь можно смыть только куда большей кровью.

История противостояния Кэнсина Химуры и Макото Сисио глазами девушки-ниндзя Мисао Макимати.